被人类用基因手艺克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的威逼和对人类弱小年夜的气愤逃离了科研所，它发布要对制造出本身的人类停止复仇。 已取得了八个勋章的小智（松本梨喷喷鼻 配音），以成为宠物小精灵操练巨匠为方针而不连续的观光，他带着皮卡丘（大年夜谷育江 配音）和火伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚完毕了和操练家的对战，接着到了一封奥妙人的延聘函，延聘他们插手世上最强的小精灵操练家的宴会。地址是新岛宠物小精灵城，这是最强操练家的延聘。他们很兴奋的承诺了，小智一行人穿过了暴风暴雨的海岸终究到达了新岛。一名叫乔伊的大年夜夫率领他们离开了宠物小精灵城，引见最强的宠物小精灵操练家出场。没想到呈此刻巨匠面前的竟然是超梦。超梦的报复理想是甚么呢，一场大年夜战行将末尾.....